Secuenciación genómica del Sars-COV 2: ¿ de qué hablamos?

En el proceso de evolución, los virus cambian constantemente y de manera natural a través de la ocurrencia de mutaciones durante la replicación viral. Desde la caracterización genómica inicial del Sars-COV 2, causante del Covid-19, el virus se ha clasificado en diferentes grupos genéticos y esa información ha permitido conocer su comportamiento y estudiar los diferentes aspectos de estos cambios, que tienen implicancias sanitarias. Así, algunas de las mutaciones específicas definen los grupos genéticos virales o linajes que circulan en la actualidad a nivel mundial; y hay otras mutaciones adicionales que generan cambios al interior de cada grupo genético originando nuevas variantes. La importancia de este último aspecto es que estas modificaciones pueden proporcionar al virus una ventaja selectiva como una mayor transmisibilidad o evasión de la respuesta inmune neutralizante generada tras una infección previa o posterior a la vacunación. 

La secuenciación genómica es el proceso mediante el cual se puede obtener la lectura completa del genoma viral y conocer cuáles son las variantes circulantes en una determinada comunidad. Desde el comienzo de la pandemia, esta acción, que requiere de una tecnología específica y de agentes sanitarios entrenados para la realización de las pruebas, ha posibilitado monitorear la evolución del virus en tiempo real, algo que es de suma importancia para la adopción de medidas de salud pública. También producto de alianzas colaborativas, el mundo entero ha podido compartir esta información, algo que no resulta menor atendiendo la magnitud global de la pandemia.

En los últimos días la noticia de que el Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas "Doctor Julio Maiztegui" (Inevh) se integraba a la Red Nacional de Vigilancia Genómica, sumando de esta manera una función más de respuesta a la emergencia sanitaria por Covid-19, acercó localmente un concepto que desde el comienzo de la pandemia ha resultado crucial. Ser parte de esta red implica destinar más y nuevos esfuerzos a la identificación temprana y evaluación del impacto sanitario de las nuevas variantes del Sars-COV 2, logrando caracterización de la situación epidemiológica, local, regional y nacional. 

Las acciones de vigilancia genómica están integradas a la vigilancia general de la Covid-19 y siguiendo rigurosos protocolos apuntan no solo a identificar las variantes presentes en el país o en una determinada región, sino a detectar de manera oportuna variantes de interés para la salud pública que se introduzcan en el territorio, así como caracterizar la posible participación de las diferentes variantes en situaciones como reinfecciones o contagios entre personas vacunadas.

Un circuito que se está diagramando

De acuerdo a lo que pudo saber LA OPINION, el Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas "Doctor Julio Maiztegui", siguiendo los lineamientos señalados por la Unidad Central de Vigilancia Genómica de la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (Anlis), está cumpliendo con todos los requerimientos que exige la incorporación efectiva a la Red de Vigilancia Genómica. En términos operativos, el Inevh comenzará a procesar muestras cuando finalice el proceso de adquisición de equipos y la instancia de entrenamiento del personal que se está llevando adelante con buenos resultados. En lo que concierne al circuito que se seguirá para la recepción y procesamiento de muestras, el protocolo será establecido en una interacción con la Unidad Central y comunicado oportunamente a todos los actores del sistema sanitario que intervienen en este proceso. Aunque no se conocen aún los detalles de cómo estará establecido ese circuito operativo, se sabe que tendrá un fuerte carácter de regionalización para agilizar los tiempos de respuesta y cumplir con una de las premisas fundamentales de la descentralización de la Red de Vigilancia Genómica.

Localmente ya se han mantenido reuniones con autoridades de la Región Sanitaria IV que observaron el funcionamiento del secuenciador y se interiorizaron sobre los alcances del proceso de secuenciación genómica y las implicancias que la participación del Instituto Maiztegui en la Red Nacional de Vigilancia Genómica tendrá para la salud pública del país y de la región.

No todo se secuencia

La realización de la secuenciación genómica parcial o total no es un proceso que se haga para todos los casos de Covid-19 sino que, por el contrario, hay protocolos que funcionan como hojas de ruta y que son conocidos y aplicados por todos los actores del sistema sanitario. En este sentido, en la práctica real es de suma importancia la interacción que se da entre las áreas de Epidemiología y los laboratorios al momento de definir según el contexto epidemiológico y la disponibilidad de insumos las muestras a secuenciar.

Hasta el momento y según lo que se consigna en la última actualización del documento oficial de referencia publicado por el Ministerio de Salud de la Nación, la secuenciación genómica se realiza en circunstancias específicas y objetivos particulares: para hacer vigilancia general de las variantes circulantes en la comunidad; para la investigación de nuevas variantes en sospechas de reinfecciones, en un número de muestras que se definen de acuerdo a la situación epidemiológica y la disponibilidad de recursos para la secuenciación. 

Asimismo, se piensa en la secuenciación genómica cuando se busca investigar nuevas variantes en pacientes vacunados y para ello hay criterios establecidos que son los que cumplen las autoridades sanitarias al momento de requerir la realización de esta prueba. Se consideran en este aspecto casos moderados, severos o fallecimientos que se den en personas que teniendo una o dos dosis de vacuna sufran eventos que requieran de una investigación que contribuya a identificar la variante.

El documento de la Red Nacional de Vigilancia Genómica señala también que la secuenciación se realiza para la investigación de nuevas variantes en escenarios de alta transmisibilidad o virulencia como brotes epidémicos con un aumento rápido de casos en un determinado territorio o grupo etario específico. Al respecto puntualiza que puede solicitarse cuando se advierte una proporción de casos graves anormalmente elevada en comparación con las observadas hasta ese momento o casos individuales con comportamiento clínico no esperado por su gravedad, en pacientes menores de 60 años y sin factores de riesgo. También para la investigación de nuevas variantes en viajeros provenientes del exterior. Este último criterio es uno de los que mayor requerimiento de secuenciaciones genómicas está teniendo en el momento actual de la pandemia, debido a que la apertura de las fronteras y el crecimiento sostenido en el número de casos hace necesario estudiar la implicancia que nuevas variantes pueda estar teniendo en determinados territorios. También como consecuencia de la aparición de la variante Omicron, que genera la necesidad de los distritos de mantener activa la vigilancia para instrumentar las medidas que resulten necesarias para contener sus posibles efectos.

Las variantes en Pergamino

En Pergamino hasta el momento los pedidos de secuenciación genómica se han hecho para estudiar el caso de pacientes con antecedentes de viaje al exterior o que tuvieran un riesgo epidemiológico asociado a una determinada variante.

Autoridades sanitarias consultadas por LA OPINION precisaron que en el contexto actual de la pandemia el sistema está atento al rastreo de variante Delta -de hecho hace algunas semanas se mandaron a secuenciar muestras de un contingente de estudiantes que había viajado a Carlos Paz para determinar si había riesgo de variante Delta y finalmente se confirmó que se trataba de variante Gamma (Manaos)-. Asimismo, puntualizaron que la irrupción en el mundo de la variante Omicron genera la necesidad de tener una activa vigilancia, aunque señalaron que hasta el momento "esta variante no ha sido detectada en ninguna de las muestras que se han mandado a secuenciar".

En este punto recordaron que la secuenciación genómica es un proceso complejo que no está indicado en todas las muestras sino en algunas situaciones particulares y con fines específicos. En lo operativo, para pedir la secuenciación es necesario que la persona tenga una PCR positiva, un determinado valor en un predictor de la carga viral y además la sospecha de riesgo epidemiológico.

Hasta el momento, cuando se presenta la necesidad de enviar a secuenciar una muestra el circuito que se sigue es a través del área de Epidemiología de la Región Sanitaria IV, que es quien determina la pertinencia de la secuenciación y manda la muestra al Instituto Malbrán, acompañada de la ficha epidemiológica, los datos de vacunación y la descripción del riesgo epidemiológico si existiera.

Según lo referido por autoridades sanitarias desde el inicio de la emergencia sanitaria, el mayor volumen de muestras se mandó a secuenciar en el mes de abril, cuando se sospechaba de la circulación de nuevas variantes. De las muestras secuenciadas se determinó que a nivel local, aparte de la cepa original del virus Sars-COV 2 circularon las variantes Andina, Reino Unido y Manaos en mayor cantidad. No se confirmó la presencia de variante Delta y tampoco Omicron en ninguna de las muestras que se secuenciaron.